Le programme doctoral est structuré en cinq modules, qui correspondent aux orientations suivantes:
A. Théorie, genres et textes littéraires
B. Culture, histoire et contextes littéraires
C. Littérature et esthétique
D. Linguistique et stylistique des textes littéraires
E. Édition littéraire et pratiques philologiques
Un des intérêts de cette structure réside dans la combinaison des modules et dans la possibilité de créer des synergies, ce dont témoignent les activités proposées, qui se bâtissent généralement de manière transversale.
Les modules A et B, dont les objets et les méthodes se modifient selon les contextes, sont subdivisés en deux périodes historiques: Ancien Régime (A1 et B1); Modernité (A2 et B2).